El complejo del Centro Cívico fue diseñado por el arquitecto Ernesto Estrada.Las colecciones del museo se exhiben en distintas unidades temáticas desarrolladas en varias salas: El museo también cuenta con salas para exhibiciones temporarias, un auditorio, una biblioteca, archivos y espacios destinados a la investigación.El Museo tiene en su poder el cráneo del cacique Cipriano Catriel, habiéndolo exhibido al público.Había sido adquirido por el perito Francisco P. Moreno, quien también se apropió de su poncho.En una carta dirigida a su padre, Moreno le cuenta que tiene la cabeza de Catriel, diciendo:
Entrada al Museo de la Patagonia
Vitrina de fauna patagónica
Una de las salas de antropología cultural del museo