Otra sección expone información y piezas arqueológicas de los primeros asentamientos en Troya, entre las que se hallan diversas herramientas.
Otra parte se dedica al periodo de transición entre la Edad del Bronce y la época clásica.
Aquí se explican las destrucciones acaecidas en la zona en el comienzo de la Edad del Hierro.
También hay un sector dedicado a la época romana y al terremoto que provocó la destrucción del asentamiento.
Por otra parte, en el jardín del museo se exhiben sarcófagos, elementos arquitectónicos y estelas funerarias.