Cuenta con dos sedes, ambas ubicadas en el barrio La Candelaria en el centro histórico de la ciudad.
El museo funcionó, sin mayor inconveniente, hasta 1989, año en que fue necesario reubicarlo pues el inmueble presentaba un avanzado estado de deterioro.
En el año 2000 el museo fue reubicado en el Planetario Distrital, reanudando sus actividades con una exposición temporal llamada “Bogotá siglo XX”.
La primera exposición temporal con que se inauguró fue "Bogotá un museo a cielo abierto".
A partir de 2015 la casa fue destinada como sede para la colección permanente y fue reinaugurada en 2019 con el nuevo montaje museográfico.