Su objetivo inicial era compilar las diferentes colecciones de arte del Ayuntamiento de la ciudad y su primer presidente fue José Luis Pellicer.
Se inauguró en 1891 durante el último mandato del alcalde Francisco de Paula Rius y Taulet como alcalde de Barcelona.
En 1921 se incorporaron las obras pertenecientes a los Museos Municipales de Barcelona.
[1] Cuando, en 1934, se inauguró el Museo de Arte de Cataluña, las obras se trasladaron al Palacio Nacional de Montjuic, pero al estallar la guerra civil española la colección fue repartida entre Olot y Darnius.
Años más tarde, los fondos este museo se integrarían en el MNAC, lo que supuso su traslado de nuevo al Palacio Nacional de Montjuic.