Está destinado a resguardar, conservar y difundir hacia la comunidad el patrimonio histórico naval y marítimo de Chile.[2] El Museo tiene por misión preservar las colecciones en custodia y difundir el patrimonio marítimo de Chile, con el propósito de contribuir a incrementar la conciencia marítima nacional.[2] Para el museo la razón de ser son sus colecciones que conserva y expone en la muestra permanente más las que mantiene en depósitos especializados.[2] Para cumplir las tareas asignadas el Museo cuenta con diferentes Áreas de Gestión.El Departamento Museología con sus divisiones: Museografía, Colecciones, Extensión, Educación y Diseño.
