El progresivo crecimiento de las colecciones ha provocado que haya sido necesario el traslado del museo a otros edificios construidos para tal fin.

Además, otros sectores del museo están destinados a exposiciones temáticas sobre diferentes aspectos: la historia de la investigación arqueológica en el área, mitología relacionada con Beocia, la influencia cultural desde la Antigüedad hasta los tiempos modernos y programas educativos.

[3]​ Entre los objetos expuestos destacan los pertenecientes a la Edad del Bronce, procedentes principalmente de los palacios micénicos de Tebas y Orcómeno, entre los que se halla abundante cerámica, joyas, armas, frescos y herramientas, así como inscripciones en lineal B. Singulares son los sellos cilíndricos orientales y los sarcófagos de Tanagra.

Del periodo clásico, las estelas funerarias y ofrendas votivas a Heracles en el monte Eta.

En el museo también se encuentra una torre de época medieval.