En 1933, durante el periodo de ocupación italiana de la isla, tuvo lugar un terremoto que ocasionó numerosos daños pero también fue aprovechado para realizar un extenso programa de excavaciones arqueológicas y construir nuevos edificios públicos.

Por ello, en 1934 se diseñó el edificio del museo, que quedó construido en 1936, en un lugar donde también quedan restos de una muralla helenística que se puede ver en el sótano.

[1]​ Tras un reciente proyecto de rehabilitación y reexposición durante el cual el museo permaneció cerrado durante varios años, se volvió a abrir en 2016,[2]​ pero otro terremoto que hubo en 2017 provocó daños en algunas de las piezas escultóricas expuestas.

También se conservan piezas de cerámica que abarcan periodos comprendidos entre el neolítico y la época romana, y que incluyen piezas minoicas, micénicas y otras de fabricación local procedentes del yacimiento de la Edad del Bronce de Seraglio.

Singulares son unas bolas de pigmento azul que fueron encontradas en el ágora.