Santiago Cacaloxtepec se encuentra localizado en el noroeste del estado de Oaxaca, forma parte de la región Mixteca y del Distrito de Huajuapan, es un municipio territorialmente poco extenso, teniendo un total de 38.83 kilómetros cuadrados y siendo sus coordenadas geográficas extremas 17° 41' - 17° 47' de latitud norte 97° 41' - 97° 47 de longitud oeste.

Su altitud varía entre 1 600 y 2 400 metros sobre el nivel del mar.

El municipio incluye en su territorio un total de 3 localidades.

El gobierno le corresponde al ayuntamiento, conformado por el presidente municipal, un síndico y el cabildo integrado por seis regidores y sus respectivos suplentes.

Todos son electos mediante voto universal, directo y secreto para un periodo de tres años que pueden ser renovables para un periodo adicional inmediato.