El municipio de Santiago Atitlán es uno de los 570 municipios en que se encuentra dividido el estado mexicano de Oaxaca, se encuentra en la Sierra Mixe y su cabecera es la población del mismo nombre.

Sus coordenadas geográficas extremas son 17° 02' - 18° 09' de latitud norte y 95° 51' - 96° 00' de longitud oeste y su altitud va de los 600 a los 2 900 metros sobre el nivel del mar.

Sus límites corresponden al norte con el municipio de Santiago Zacatepec, al noroeste con el municipio de Santa María Tlahuitoltepec, al suroeste con el municipio de Tamazulápam del Espíritu Santo, al sur con el municipio de Asunción Cacalotepec y al este con el municipio de Santa María Alotepec.

El municipio incluye en su territorio un total de 17 localidades.

El ayuntamiento de Santiago Atitlán está integrado por el presidente municipal, un síndico y un cabildo integrado por cuatro regidores.