La localidad con mayor altura en el municipio es Teguajito que alcanza los 560 m s. n. m. y la comunidad con menor altura es Buena Vista del Sur con tan solo 5 m s. n. m. La cabecera municipal, San Marcos, se sitúa a una altitud de 50 metros sobre el nivel del mar.

Por situarse en una zona tropical, el municipio solo es afectado por el clima de tipo Cálido Subhúmedo con lluvias en verano que cubre todo el territorio por completo, al igual que los municipios vecinos de la región.

La Selva Baja Caducifolia es la que cubre mayoritariamente en el territorio, esta se encuentra diversa en la mayoría del municipio, principalmente en la centro y norte.

Otros ecosistemas en muy pequeña proporción destacan los bosques en la zona norte, estos pueden estar compuestos por pino, encino, bosque de Montaña o bosque Templado; también existen pastizales, manglares en la zona costera y áreas bajas fangosas, selva mesófila, así como la Agricultura de Temporal, que al igual que la Selva Baja Caducifolia, cubre gran parte del territorio.

[11]​ La fauna en el municipio la componen principalmente por especies como el venado, ardilla, conejo, tlacuache, armadillo, iguanas, zorrillos, mapache, tejón, víbora, escorpión, paloma, pericos, gavilán, variedades de pájaros, zopilotes, pichiches, ganzón, gaviotas y zanates.

Con respecto a la fauna marítima destacan las mojarras, cangrejos, camarón, tortugas, jaibas, jurel, huachinango, entre otros.

[1]​ El gobierno del municipio de San Marcos es administrado por un ayuntamiento, compuesto por un presidente municipal y un cabildo, que a su vez es conformado por un síndico procurador, cuatro regidores de mayoría relativa y dos más por representación proporcional.

Reseña Histórica Antecedentes Prehispánicos En la época prehispánica los nativos denominados yopes habitaron la región Costa Chica, esta raza se derivó de la tribu de los chichimecas, aunque también formaron parte de los pueblos nahuas y estuvieron siempre ligados a los aztecas, después autonombrados mexicas por su origen cultural, como se menciona que anteriormente, residieron en la Costa Chica, en San Marcos y otras poblaciones.

Enterado Cortés de los hechos destacó desde Acapulco a un contingente militar al mando del capitán Vasco Porcallo quien logró pacificar la región, mediante el casi exterminio del pueblo yopes, pues quedaron con vida sólo las mujeres y los niños.

Anteriormente se le conoció como Xolutla; después La Estancia y en la actualidad San Marcos.

Fiesta popular El 25 de abril, se celebran festejos en honor a San Marcos.

[16]​ Permaneciendo en las diez finalistas y ganando el primer lugar en Belleza con Próposito[17]​ (Beauty with a Purpose) con el proyecto Amor por la Montaña, la columna vertebral del concurso.