Su cabecera es la localidad de San Juan Quiotepec.
[4] El municipio abarca 197.50 km² y se encuentra a una altitud promedio de 1940 m s. n. m., oscilando entre 2800 y 700 m s. n. m.[1][5] Colinda al norte con San Pedro Sochiápam, al este con San Felipe Usila, municipio de San Pedro Yólox y Santiago Comaltepec, al sur con San Pablo Macuiltianguis y el municipio de Abejones, y al oeste con San Juan Bautista Atatlahuca y el municipio de San Juan Tepeuxila.
[5] San Juan Quiotepec se encuentra en la cuenca del río Papaloapan, perteneciente a la región hidrológica del Papaloapan.
[5] El clima del municipio es semicálido subhúmedo con lluvias en verano en el 38% de su territorio, templado húmedo con abundantes lluvias en verano en el 48% y semiseco muy cálido en el 14% restante.
[5][6] De acuerdo al último censo, realizado por el INEGI en 2010, en el municipio habitan 2313 personas, repartidas entre 8 localidades.