Su cabecera es la localidad de San Juan Petlapa.
[4] El municipio abarca 196.82 km² y se encuentra a una altitud promedio de 720 m s. n. m., oscilando entre 2800 y 100 m s. n. m.[1][5] Colinda al norte con los municipios de Santiago Camotlán y Santiago Jocotepec; al este con el municipio de Santiago Choápam y Santiago Jocotepec; al sur con San Ildefonso Villa Alta y Santiago Choápam; y al oeste con Santiago Camotlán y San Ildefondo Villa Alta.
[5] El clima de San Juan Petlapa es cálido húmedo con lluvias todo el año en la mitad de su territorio, semicálido húmedo con lluvias todo el año en el 45% y templado húmedo con lluvias en verano en el 5% restante del municipio.
[5][6] De acuerdo al último censo, realizado por el INEGI en 2010, en el municipio habitan 2807 personas, repartidas entre 6 localidades.
Desde 2013 es parte de la Cruzada nacional contra el hambre.