Su cabecera municipal es Santa Rosalía y las ciudades más pobladas son su cabecera, Guerrero Negro y Mulegé.
[5] Es territorialmente discontinuo por una pequeña península, un exclave rodeado por el municipio de Loreto.
El municipio de Mulegé tiene una totalidad de 459 localidades, las principales y su población en 2010 son las siguientes:[6] El municipio se divide en seis delegaciones municipales, estas se dividen en subdelegaciones además de la cabecera municipal que es Santa Rosalía: Subdelegaciones: -Puerto nuevo -Punta eugenia -Isla natividad Subdelegaciones: -La Bocana -Punta Prieta -San Hipólito -San Roque Subdelegaciones: -Ejido Emiliano Zapata -Ejido Guillermo P. (Prieto) -Ejido Ángel César Mendoza Aramburo -Ejido Francisco J. Mújica -Ejido Gustavo Díaz O.
Los integrantes del ayuntamiento se eligen popularmente cada tres años.
[7] Los presidentes desde 1990 han sido los siguientes: Para la elección de diputados locales al Congreso de Baja California Sur y de diputados federales a la Cámara de Diputados federal, el municipio se encuentra integrado en los siguientes distritos electorales uninominales: Local:[10] Federal: