Su cabecera municipal es una localidad homónima, ubicada al norte del municipio.

El municipio de San Felipe se localiza en la zona este de Baja California y pertenece a la Región Costera del Golfo.

Al municipio le pertenecen también las islas El Huerfanito, El Muerto, Lobos, Encantada, Pómez, San Luis, San Luis Gonzaga, Roca Consag, Miramar y Coloradito.

El clima es árido cálido, debido a en parte de que el Desierto de Sonora se extiende al norte del municipio.

La fauna y flora en San Felipe es rica y variada gracias a su interacción con el Golfo de California, pudiéndose contar como animales principales los siguientes, agrupados por especies: Como un municipio de reciente creación, la política enfocada el ámbito local solamente ha sido representada, por los movimiento pro-municipalización que fueron formados desde hace décadas.