Pertenece al distrito de Teotitlán, en la Región Sierra de Flores Magón.

[4]​ El 22 de diciembre de 1927 el municipio es renombrado como Mazatlán de Flores, anteriormente era llamado San Cristóbal Mazatlán.

El 15 de diciembre de 1942 vuelve a cambiar su nombre, adoptando su denominación actual: Mazatlán Villa de Flores.

[4]​[5]​ El municipio abarca 176.72 km² y se encuentra a una altitud promedio de 1140 m s. n. m., oscilando entre los 300 y los 2500 m s. n. m.[6]​ Colinda al norte con el municipio de San Lucas Zoquiápam, al noreste con el municipio de Huautla de Jiménez, al este con el municipio de Huautepec y el municipio de Santa Ana Cuauhtémoc; al sur limita con el municipio de Cuyamecalco Villa de Zaragoza y con el municipio de San Juan Bautista Cuicatlán y al oeste con el municipio de Santa María Tecomavaca y el municipio de San Juan de los Cués.

De acuerdo al último censo, realizado por el INEGI en 2010, en el municipio habitan 13 435 personas.