Sus coordenadas geográficas extremas son 18° 20' - 18° 32' de latitud norte y 96° 56' - 97° 20' de longitud oeste; su altitud fluctúa entre los 1 100 y los 2 900 metros sobre el nivel del mar.

Parte del municipio pertenece al valle de Tehuacán.

El principal tipo de vegetación que existe en este municipio es la selva baja caducifolia.

Las principales localidades y su población son las siguientes: El gobierno del municipio de Ajalpan le corresponde al Ayuntamiento que tiene su sede en la cabecera municipal, la Ciudad de Ajalpan; el ayuntamiento se encuentra conformado por el presidente municipal, un síndico y el cabildo integrado por ocho regidores, seis de los cuales son electos por mayoría relativa y los dos restantes por mediante el principio de representación proporcional.

Las seis juntas auxiliares del municipio de Ajalpan son las que siguen: