Un hermano de Opila llamado Alpidio, encontrándose de caza por las riberas del Pisuerga, descubrió escondidas en el bosque dos pequeñas ermitas visigóticas dedicadas a Santa María y a los apóstoles San Pedro y San Pablo.

Ante tal prodigio, comenzaron a construir una casa religiosa en el mismo lugar del hallazgo.

El monarca castellano pasó a ejercer una decidida protección sobre el monasterio, llamado en lo sucesivo de Santa María la Real.

Fue entonces cuando empezó a construirse el gran conjunto monástico en estilo románico en transición al gótico.

La constante expansión territorial del Monasterio fomenta la aparición de pleitos jurisdiccionales por tierras y rentas con otros establecimientos eclesiásticos.

Se dice que la gente entraba al edificio y sacaba sacos de libros y legajos para alimentar las estufas durante el invierno; tal vez queden aún en algunas casas documentos de aquellos, que no llegaran a quemarse.

A principios del siglo XX el edificio se encontraba totalmente arruinado, con muchas mutilaciones y estructuras desmoronadas.

Entre sus fundadores figuraba el arquitecto y humorista gráfico lebaniego José María Pérez González, alias Peridis.