Durante el resto del siglo XII y el siglo XIII el monasterio desarrolló una gran actividad espiritual y económica.

La monumental iglesia se terminó a finales del siglo XVII y en el año 1708 se consagró solemnemente.

Durante la Primera Guerra Carlista toda la comunidad monástica abrazó la causa de Carlos V y jugó un importante papel en Galicia financiando y auxiliando a la partida carlista de Antonio María López que actuó en el entorno de Santiago de Compostela.

El monasterio de Santa María de Sobrado, sus edificios y posesiones fueron vendidos a personas no relacionadas con la institución religiosa o eclesiástica.

Se inició un deterioro progresivo de los edificios que acabaron convirtiéndose en un enorme montón de ruinas y piedras.