El aspecto actual del monasterio deriva principalmente de las reconstrucciones realizadas entre los siglos XV y XVI.

[3]​[4]​ Con el ascenso al trono de Desiderio se produjo un ulterior impulso al desarrollo del monasterio, con la intención de transformarlo en una tumba dinástica: como afirman las fuentes históricas, confirmadas por recientes investigaciones arqueológicas, en la basílica del San Salvador se sepultó a la reina Ansa así como otros miembros de su familia, probablemente el padre y dos hermanos suyos.

[3]​ Tras la derrota de Desiderio y la caída del reino lombardo (774), los carolingios confirmaron todos los beneficios que anteriormente se le concedieron a este lugar de culto, que siguió su crecimiento económico ampliando sus posesiones en toda Italia.

[5]​ El monasterio no sufrió otras transformaciones radicales hasta el 1798, cuando la estructura fue suprimida después de las leyes revolucionarias jacobinas.

Toda la estructura sufrió una degradación lenta pero constante hasta que, en el año 1882, fue habilitada como Museo de la Edad Cristiana.

[4]​ El sacelio de Santa María en Solario se integró en el monasterio a mediados del siglo XII.