El monasterio y su iglesia fueron fundados en el 753 por el duque de Brescia Desiderio, futuro rey de los lombardos, y por su esposa Ansa, que dejó a cargo del conjunto a su hija Anselperga como primera abadesa; la cripta fue realizada en el 759-760.

[2]​ Después de que Carlomagno derrotara a los lombardos, San Salvador mantuvo sus privilegios como una institución real, y amplió sus posesiones.

En el siglo XV, todas las estructuras volvieron a restaurarse y se le añadió un dormitorio.

De esta manera el característico estilo lombardo se vio afectado por las numerosas y diversas tipologías arquitectónicas que le sucedieron.

El coro de las monjas, construido en el año 1466, se convirtió en presbiterio en el siglo XVI.