Este monasterio femenino fue fundado por el conde Suñer I y por su esposa Riquilda de Tolosa junto a una antigua iglesia dedicada a San Saturnino.

Las monjas fueron asesinadas o vendidas como esclavas y el monasterio sufrió graves destrozos.

A finales del siglo X la comunidad estaba formada por una docena de religiosas.

La comunidad sufrió la exclaustración en 1835 y el monasterio se convirtió en prisión.

Un nuevo incendio asoló San Pedro de las Puellas durante la guerra civil española, en 1939.

El espacio estaba delimitado por cuatro arcos soportados por columnas y cubierto por una cúpula de base octogonal.