A finales del siglo X se crea un nuevo monasterio benedictino en Cluny, Borgoña, que busca seguir con fervor la Regla de San Benito.

También es posible que los restos de las habitaciones del ala sur fueran eliminados en 1834.

Finalmente, entre el siglo XVII y mediados del XVIII se construye el Claustro de la Biblioteca (o Rachadoiro).

Es discutible si la Iglesia se construyó, en relación con el altar mayor, el deambulatorio y el crucero, en la forma actual o si se desvió de forma similar a la desarrollada en la misma época por Claraval, teniendo un crucero más corto y sin ambulatoria.

A pesar de su enorme tamaño, el edificio solo destaca por sus necesarios elementos estructurales que se elevan hacia el cielo.

La fachada principal del monasterio, al oeste, fue reformada entre 1702 y 1725 con elementos de estilo barroco.

La iglesia probablemente no tenía campanarios, correspondiendo así al ideal cisterciense de sencillez.

Las naves central y lateral, totalmente abovedadas, tienen prácticamente la misma altura, dando la sensación de un espacio amplio, al que el proceso de iluminación, aún románico, le da poca luz y lo agranda.

El crucero tiene dos naves, pero cuando nos fijamos en la planta de la iglesia, reconocemos tres, en los cimientos y en el cuerpo central.

De hecho, como exigen las leyes cistercienses, no había torres, y las fachadas, es decir, el frontispicio, solo tenían un muro liso con un hastial triangular.

Los muros tienen contrafuertes, excepto el crucero, donde los arbotantes aparecen por primera vez en la arquitectura portuguesa.

La coronación del templo, desde el exterior, está formada por almenas con remates biselados a ambos lados, sobre un parapeto apoyado sobre una hilera de voladizos.

Esta característica le da al conjunto una solidez militar, un aire de fortaleza.

De hecho, el monumento siempre ha sido visto como una excepción dentro del marco del estilo gótico propio de Portugal, como una pieza única y experimental sin antecedentes ni posteriormente edificios que lo imitaran.

Su estructura interior —el presbiterio propiamente dicho— se articula con la nave a través de dos muros rectos opuestos, marcados por dos pilares en los extremos ya cada lado; ocho columnas de gran diámetro y robustez, con capiteles de canasto troncocónico cóncavo y ornamentación vegetal muy simplificada, sostienen arcos quebrados muy refinados; la bóveda, nervada y ligera, descansa sobre semicolumnas cuya raíz se sitúa sobre dichos capiteles.