Cuenta la leyenda que en el actual lugar que ocupa la localidad se asentó una noble familia mora, de la cual destacaba por su belleza la hija mayor, así que los jóvenes quedaron prendados por ella y se disputaban su cortejo, rondándola por su casa o bien cuando se iba a llenar el cántaro a la fuente.

La joven aumentaba su hermosura colocándose en sus espesos y negros cabellos lazos de colores.

[cita requerida] El topónimo podría provenir de dos términos latinos: mola (del latín molaris): ‘peñasco’, y cella (‘bodega’ o ‘despensa’); por lo que Molacillos vendría a significar ‘la bodega de la muela’, haciendo alusión a las cisternas romanas que hay en el Teso de la Mora.

Y la otra teoría sería por el nombre de un acta medieval, en la que se concedía el derecho de instalar sendos molinos, evolucionando su uso hacia Molinillos, y este a su vez hacia el actual.

No obstante, la fundación de Molacillos se debe a los reyes de León, que crearon la localidad en la Edad Media para consolidar sus posiciones en la cuenca del río Valderaduey.