[9]​[8]​ Deif se unió a Hamás en 1987, durante los meses iniciales de la Primera Intifada.

[3]​[9]​[8]​ En sus comienzos se dedicó, junto con Yahya Sinwar, a tareas de seguridad interna y a operaciones militares contra las fuerzas israelíes de ocupación.

[3]​ En 1989 fue arrestado por el ejército israelí y pasó 16 meses en prisión.

[3]​[8]​ En los años noventa, Deif pasó a convertirse en uno de los líderes del ala militar de Hamás junto con Yahya Ayyash, Salah Shehade y Hassan Salameh.

[10]​ Cinco terroristas suicidas que envió a atacar en Israel en marzo de 2000 fueron eliminados por el Yamam.

[3]​[9]​[12]​[8]​ Su capacidad para eludir los intentos de asesinato israelíes le ha llevado a ser conocido por los servicios secretos de este país como «el gato con nueve vidas», y se basa en parte en su reticencia a utilizar medios tecnológicos.

Entre los deberes de la unidad se encuentran «proteger a los cautivos enemigos retenidos por las Brigadas al-Qassam, ocultarlos y frustrar los intentos enemigos de encontrarlos».

Su estrategia militar ha sido bautizada como la estrategia de «arriba y abajo», basada en atacar el territorio israelí con cohetes y construir túneles subterráneos para ser utilizados en la infiltración de la frontera con Israel.

De hecho, fue el propio Deif quien bautizó la operación con este nombre en un mensaje hecho público pocas horas después del ataque, en el que explicaba que el ataque era una represalia por las numerosas incursiones de la policía israelí en la Mezquita de Al-Aqsa, la tercera más sagrada del islam suní.

[23]​ Según Israel el objetivo del ataque era asesinar al comandante militar de Hamás, Mohamed Deif, así como a Rafaa Salameh comandante de la brigada de Jan Yunis,[24]​ mientras que la organización palestina aseguró que todas las víctimas eran «civiles inocentes e indefensos».

[27]​ Después del ataque un alto cargo de Hamás declaró que Mohamed Deif estaba «bien» y que «supervisa directamente y en buen estado las operaciones del ala militar de Hamás», según recogió la radio pública israelí Kan.

[2]​ Mientras que Osama Hamdan un alto oficial de Hamás desmintió su muerte.