Moheli quedó más o menos sometida al sultanato de Anjouan bajo el reinado del sultán Abdallah II en el CIC hasta 1830.

[5]​ En 1909, tras un extraño romance, Francia se anexionó la isla; la última reina, Salima Machamba, había abdicado y abolido el sultanato en 1902.

Said Mohamed Souef fue nombrado presidente de la isla y Soidri Ahmed primer ministro.

Sin embargo, tras las negociaciones, Moheli se unió a la RFI de las Comoras en 1998.

Moheli está compuesta en gran parte por una meseta que tiene una elevación promedio de unos 300 metros (1000 pies).

La isla termina en el oeste con una cresta que alcanza más de 790 metros (2600 pies) sobre el nivel del mar.

El clima sustenta una vegetación exuberante y un entorno marino rico, lo que la convierte en un destino ideal para los amantes de la naturaleza.

Moheli alberga una amplia variedad de flora y fauna, incluidas varias especies endémicas.

Este parque es un refugio para la biodiversidad, con especies marinas vibrantes, plantas endémicas y vida silvestre protegida.

Actividades como el senderismo, el esnórquel y el avistamiento de ballenas son populares entre los visitantes.

A pesar de las carreteras en condiciones difíciles, cuenta con unas hermosas playas, un parque natural y hoteles (dos principales, uno en Fomboni y otro en Niouamachoua), lo que permite esperar un aumento del turismo (aunque los vuelos son aún escasos y caros, lo que limitar el desarrollo de las actividades turísticas).

Las playas son un importante lugar de arribada para las tortugas verdes, estimadas en 4-5000 hembras en 2002.

Las aguas circundantes albergan al celacanto Latimeria, descrito como un fósil viviente.