La empresa fue encomendada a los frailes franciscanos encabezados por Junípero Serra quien era acompañado por el militar Gaspar de Portolá.Dicho establecimiento no prosperó por las duras condiciones del lugar y el asedio de los nativos, quienes atacaron el sitio en el mes de agosto, debido, probablemente, a que una enfermedad les estaba mermando y temían una propagación.Algunos residentes resultaron masacrados, entre ellos Luis Jaume, por lo que se le considera el primer mártir católico en California.[3] Para 1894, las hermanas de San José Carondolet ocuparon las instalaciones y establecieron una escuela.El santuario fue elevado a parroquia en 1941, y en 1976 el papa Pablo VI la declaró basílica menor.
