[1]​ La misión y el pueblo cercano no recibieron suficiente apoyo y los españoles se apoderaron de las mejores tierras, destruyeron cosechas de los indios y, en general, ignoraron los derechos de los nativos locales.

Algunos historiadores, basándose en documentos de la época, sugieren que la misión estaba situada río arriba en las cercanías de la actual presa Laguna, mientras que otros la ubican río abajo cerca de Pilot Knob.

El historiador mexicano Manuel Rojas ha señalado que un mapa muestra claramente el nombre de San Pedro y San Pablo en Los Algodones, indicando que la misión estuvo en territorio mexicano.

Sin embargo, los historiadores estadounidenses han afirmado que la misión estuvo localizada en su territorio.

[3]​[4]​[5]​ Existe un marcador histórico en el estado de California específicamente en el sureste del condado de Imperial que identifica el sitio probable.