Para llevar a cabo esta misión, Anza recurrió al misionero franciscano fray Francisco Garcés, quien había explorado ampliamente la región final del Río Colorado entre 1769 y 1773, partiendo desde su confluencia con el Río Gila.

Sin embargo, los yumas, grupo indígena dominante en la región, se mostraban reticentes ante la presencia española.

Durante sus viajes, el Padre Francisco Garcés se familiarizó con el jefe Palma, líder del pueblo yuma, quienes vivían en la zona a lo largo del río Colorado.

Además, las obras de irrigación iniciadas por el alférez Islas para la agricultura comenzaron a afectar los cultivos indígenas, generando tensiones.

Estas tensiones se agravaron cuando el alférez decidió apresar a algunos líderes yumas.

Los colonos españoles ignoraron los derechos indígenas, usurparon las mejores tierras y destruyeron los cultivos nativos, lo que generó un creciente descontento entre los yumas.

[6]​ En junio de 1781, el capitán Rivera y Moncada llegó a las misiones del Colorado con un contingente de 40 colonos y sus familias para trasladarlos a Alta California.

Saint Thomas Indian Mission es una iglesia que se encuentra en la colina conocida como Indian Hill,[9]​ cerca de la confluencia de los ríos Gila y Colorado.