Tras su derrota se vio obligado a abandonar el país junto con Juan Nepomuceno Almonte y José María Gutiérrez de Estrada, entre otros distinguidos conservadores.En el Sitio de Querétaro fue derrotado y capturado junto con los demás partidarios del Imperio.Miguel Miramón era, según narra Luis Islas García «un chiquillo débil, soñador, voluntarioso e inteligente».Según dice Islas García, ese tiempo fue definitivo en la formación de su carácter, naciendo en él un sentimiento anti-estadounidense.Luego de su liberación, regresó inmediatamente al Colegio Militar, en el que sobresalió por su gran disciplina y pericia.Estos nombramientos se debían a la muy alta disciplina de Miramón, que lo hacían muy recomendable.Consiguió un ascenso más durante la batalla de Tepemajalco, en la cual tuvo un actuación muy destacada.Esta acción terminaba proclamando las bases orgánicas de 1843 en lo que se elegía nuevo presidente.El gobierno les ofreció a los rebeldes la oportunidad de permanecer en el ejército como soldados rasos (lo cual era considerado como una deshonra) o retirarse del ejército y salir del país.Miramón optó por lo segundo dejando el ejército, pero sorpresivamente no salió del país, sino que se escondió en secreto.Al frente se puso el general Joaquín Orihuela, teniendo como segundos a Vélez y Miramón.Por su debilidad no pudieron hacer ninguna acción ofensiva teniendo que encerrarse en la ciudad, siendo sitiados nuevamente por el gobierno.Miramón se hizo famoso allí por su gran valentía y capacidad de mando.Volvió en 1866, solo para ver cómo el Imperio iba retrocediendo ante las fuerzas republicanas, que contaban con la decisiva ayuda económica y material del Gobierno de los Estados Unidos.Este país se recuperaba de la recién terminada guerra civil estadounidense y volvía su mirada hacia México.Maximiliano pensó aceptar dicha recomendación y tuvo serias dudas en hacerlo, pero pesó más su convicción de que un Habsburgo tenía un sentido del honor que le impedía abandonar sus deberes; eligió quedarse en México y seguir luchando en contra de los liberales.Maximiliano fue apresado junto con el general Mejía y pronto fue detenido también Miramón, quien al enterarse de la traición, se dirigió al centro de la plaza y encontró una fuerza enemiga.El periodista Armando Fuentes Aguirre le recuerda en su libro "Juárez y Maximiliano: La roca y el ensueño" de la siguiente manera: "Miguel Miramón ha sido uno de los mejores hombres que ha tenido México."
Miramón con traje militar.
Retrato de Manuel Miramón, junto a los de Maximiliano de Habsburgo y Tomas Mejía en el museo regional de Querétaro.
