También puede intervenir directamente en la aviación civil en conjunto con la ANAC, cuando haya riesgo para la seguridad nacional, tal como ocurrió en la intervención durante la crisis del sector aéreo brasileño en 2006.

[3]​ Hasta 1999, las tres Fuerzas armadas se mantenían en ministerios independientes.

Fue Fernando Henrique Cardoso, presidente electo en 1995, y que llevaba en su programa de gobierno la creación del Ministerio de Defensa, el que al fin lo puso en marcha.

Un grupo de trabajo interministerial definió las directrices para la implantación del Ministerio.

[4]​ El Estado Mayor de las Fuerzas Armadas fue extinto en la misma fecha.