Aganagić se crio en Sarajevo, Yugoslavia (actualmente Bosnia y Herzegovina).

[1]​ Obtuvo una licenciatura y un doctorado del Instituto de Tecnología de California, en 1995 y 1999 respectivamente; su asesor de doctorado fue John Henry Schwarz.

Luego se unió a la facultad de física de la Universidad de Washington, donde se convirtió en investigadora Sloan[1]​ e investigadora junior destacada del DOE.

[2]​ Se mudó a la Universidad de California en Berkeley en 2004.

En 2016, la Fundación Simons le otorgó el premio Simons Investigator Award[3]​ y el mismo año la Sociedad Estadounidense de Física le otorgó su beca.