Obtuvo el doctorado PhD en 1901, en la misma universidad de Zagreb, con una tesis titulada Croacia y el último esfuerzo del Imperio bizantino bajo el cetro de los Tres Comnenos (1075-1180).[5] Enemigo del Reino de Yugoslavia, fue arrestado por alta traición y acusado de espionaje para una potencia extranjera, junto con Ivo Pilar, otro historiador croata.[7] Finalmente, en 1931 obtuvo un visado y viajó a Albania para firmar un contrato de trabajo.Los intelectuales Albert Einstein y Heinrich Mann enviaron una carta a la Liga Internacional de los Derechos Humanos en París para protestar por el asesinato de Milán Šufflay.[8][9] Según algunas fuentes, acusaban al rey de complicidad en el crimen.
