Cursó estudios de humanidades en Loyola, donde tuvo como profesor al padre Fidel Fita.
Al estallar la Revolución de 1868 se vio obligado a marchar a Inglaterra, donde cursó tres años de teología y recibió la ordenación sacerdotal.
En 1886 fue elegido académico de la lengua, pero antes de tomar posesión con la lectura del discurso titulado El estado o punto de perfección a que lograron levantar la lengua española los autores de los dos últimos tercios del siglo XVI y primero del XVII, al que daría contestación Marcelino Menéndez Pelayo,[1] fue trasladado por sus superiores a Zaragoza.
Mir acató el traslado a regañadientes, mas ya en 1888, tras verse obligado a realizar ejercicios espirituales en Veruela, pidió autorización para salir de la Compañía, lo que le fue concedido tres años más tarde.
El ensayo del padre Mir se unía a los escritos redactados con el mismo fin por otros varios apologistas católicos, sin embargo y a pesar de discutir el darwinismo, se apartaba de ellos al afirmar que no veía razones dogmáticas o escriturísticas en las que basar el rechazo del evolucionismo.