Se encuentran diseminadas en la totalidad del SNC, son células de pequeño tamaño, tinción oscura y asemejan débilmente oligodendrocitos.
Estas células funcionan como fagocitos eliminando sustancias de desecho y estructuras dañadas del SNC.
Cuando por cualquier razón se activan, actúan como células presentadoras de antígenos y segregan citocinas.
Por ejemplo, se sabe que juegan un papel importante durante el desarrollo en la inducción de muerte celular controlada en ciertas regiones.
Las células de microglía "no activas" están continuamente analizando su entorno con sus terminaciones, que son altamente dinámicas.
También, "activadas" modifican su morfología (normalmente ramificada) y adquieren un aspecto ameboide, debido a la proyección de Lamelipodios.
A lo largo del día 9.0 pc estas células expresan CD45, pero no marcadores mieloides (estadio A1), más tarde expresan marcadores mieloides como los receptores de quimiocinas CX3C1 (CX3CR1) y del factor estimulante de colonia 1 (CSF1R), así como la glicoproteína F4/80 (estadio A2).