La mezquita de Fatih fue construida por orden del sultán Mehmet II Fatih (Muhhammad II el Conquistador), entre 1463 y 1470, en el lugar donde se encontraba la Iglesia bizantina de los Santos Apóstoles, cuyas ruinas sirvieron como cantera para aportar materiales para la construcción de la nueva mezquita.

El arquitecto fue Atik Sinan, acerca del cual se conoce poco.

Incluía ocho edificios llamados madraza, biblioteca, hospital, hospicio, caravanserai (hospedaje de peregrinos), mercado, hamam (baños turcos), escuela primaria y cocina pública (imaret), que servía comida para los pobres.

Las madrazas servían a cerca de mil estudiantes, haciéndola una gran universidad en su tiempo.

El Hospicio (taphane) está afuera del ángulo sudeste de la mezquita.

El mausoleo de Gulbahar es simple, con líneas clásicas y puede que se asemeje al original.

El Hospital, mercado, cocinas y baños pertenecientes al complejo original ya no existen.