Fue construida por el emperador mogol Akbar, y fue la mezquita más grande del imperio en el momento de su construcción.

Entre los monumentos más destacados del complejo se encuentran la Buland Darwaza, que actúa como puerta sur de la mezquita, y el Mausoleo de Salim Chishti, santo en cuyo honor se construyó la mezquita.

[1]​[2]​ La mezquita se erigió en honor del sufí jeque Salim Chishti, consejero espiritual de Akbar.

En 1579, pronunció el jutba para una oración congregacional a la que asistieron los habitantes de Fatehpur Sikri.

Jahangir habló largo y tendido sobre el complejo de la mezquita con su hijo Khurram durante una estancia en Fatehpur Sikri en 1619.

[5]​[3]​ Khurram llegó a convertirse en el emperador mogol Shah Jahan, y citó esta mezquita como modelo para su propia Jama Masjid en Delhi.

[8]​ Alfieri también ve una inspiración en las Jama Masjids anteriores a la época mogol, pero cita las de Atala y Champaner.

[11]​ Los lados norte, sur y este del patio están flanqueados por dalans (arcadas).

La crujía interior de las arcadas está dividida en mehmaan khana (celdas), probablemente utilizadas como dormitorios para los devotos.

Estas salas tienen sus propios mihrabs decorados y se apoyan en pilares de estilo hindú.