[3]​ Metrófanes II enfrentó entonces una virulenta oposición y desplazó a varios obispos que él consideraba como "cismáticos" y los sustituyó por los prelados que habían sido favorables a la unión en Florencia.

En 1443, el emperador Juan VIII Paleólogo organizó un debate teológico entre los obispos latinos y los de Marcos de Éfeso, pero ambos lados reivindicaron la victoria.

En el mismo año, los otros tres patriarcas del oriente, el de Antioquía, de Jerusalén y de Alejandría lanzaron un anatema conjunto contra Metrófanes II, ignorando que sus delegados habían aprobado la unión de las Iglesias en Florencia.

El patriarca de Constantinopla se sintió poco apoyado por el emperador Juan VIII, defensor de la unión, y durante el juicio, enfermó y renunció.

[4]​ Sin un patriarca hasta 1445, el proyecto de unión entre las iglesias quedó sin rumbo.