La cabecera del departamento es la homónima Mercedes (llamada hasta 1835 por el topónimo guaraní Pay Ubre o también Paiubre, que significa el que más come de las entrañas aplicándose al río Corriente se interpretaría por el que más se alimenta de sus aguas en su mismo interior, esto se debe a que en su último atrincheramiento los guaraníes caracarás, antiguos habitantes de la zona, se agruparon en Rincón de Aguaí, lugar que estaba bañado por el curso de agua que ellos llamaban Paiubre una de las tantas divisiones del caudaloso río Corriente.
[4] Junto a esta ciudad, Mariano I. Loza, Felipe Yofré y Naranjito son los principales núcleos poblacionales del departamento.
[3] Fuente de los Censos Nacionales del INDEC A losefectos administrativos, el departamento se subdivide en 3 municipios:[2] La mayor parte de la población se concentra en la ciudad cabecera del departamento.
El resto es población de carácter rural, dispersa o asentada en pequeñas localidades.
[1] Las pasturas, más ricas que en el norte de la provincia, favorecen la ganadería.