Cuando se usa para esa condición, la interrupción del medicamento debe manejarse con cuidado para que el paciente no comience a tener una serie de convulsiones tras otra (una afección potencialmente mortal llamada Status epilepticus).

Después de la ingestión, la droga se metaboliza en fenobarbital, que parece ser un sedante más potente.

[2]​ El médico debe recomendar vitamina K adicional para las mujeres embarazadas que usan mefobarbital al acercarse la fecha del parto, a fin de reducir el sangrado en ellas y sus recién nacidos.

El mefobarbital puede ayudar a reducir la irregularidad en la frecuencia del pulso fetal,[3]​ pero se ha encontrado que causa defectos de nacimiento, con riesgo de que las malformaciones aumenten si también se usan otras drogas antiepilépticas.

El medicamento se encuentra en la leche materna de madres lactantes que usan el fármaco.