Aún atormentado por los recuerdos de su traumático pasado, Max inicia una nueva vida trabajando en seguridad privada junto con su amigo Raúl Passos, protegiendo a la familia Branco en São Paulo, Brasil.
Una vez que Victor, Marcelo, Passos y Becker abandonan las instalaciones de Fábricas Branco, el lugar es atacado por Crachá Preto.
Max combate contra ellos e intenta salvar a Rodrigo pero descubre que sus esfuerzos han sido en vano al encontrarlo muerto en su oficina.
Durante la redada, Max descubre que la UFE colabora con Crachá Preto, secuestrando y traficando con personas en las favelas.
Max logra salvar a Giovanna y elimina Milo Rego, segundo al mando de Crachá Preto.
Unas horas después, Max se enfrenta con los paramilitares y salva a Giovanna pero Raul Passos lo abandona una vez que la rescata.
Luego, Da Silva interroga a Max sobre lo que pasó en el Canal de Panamá cuando estaba con Marcelo y Raul.
Al parecer, los tres iban a bordo de un yate llevando un cargamento desconocido, el cual fue atacado por la guerrilla local.
Descubre que los rehenes son llevados allí para la extracción y tráfico de órganos en el mercado negro.
A continuación, Max coloca explosivos por todo el lugar para destruir lo que había logrado Victor Branco y la UFE con sus acciones.
Con la ayuda de Da Silva, Max inmoviliza el avión donde Victor intentaba escapar y logran capturan.
Victor es condenado a prisión pero, poco después, se suicida en su propia celda y la UFE ha sido disuelta.
El juego introduce un sistema de cobertura bastante similar al que se vería luego en Grand Theft Auto V.
Si el jugador decide usar la integración con el Rockstar Games Social Club, puede importar sus equipos a Grand Theft Auto V. Max Payne 3 recibió críticas generalmente positivas.