Se le relaciona principalmente con el teatro instrumental, usando un lenguaje de corte neodadaísta, renovando el material sonoro, empleando instrumentos inusuales y material electroacústico y explorando los recursos dramáticos del lenguaje musical —tanto en sus piezas radiofónicas, películas y obras electroacústicas como en sus recreaciones de formas antiguas.

En 1949, a los 18 años, será consejero artístico de la «Agrupación Nueva Música», que había fundado Juan Carlos Paz.

Comienza a componer sus primeras piezas instrumentales y electroacústicas e intenta montar un estudio de música electrónica, pero fracasa en su intento (que logrará al poco tiempo Francisco Kröpfl).

Pierre Boulez, durante una gira por Buenos Aires, examina sus partituras y le sugiere que viaje a Europa.

Con una beca «Deustscher Akademischer Austauschdienst» (Servicio Alemán de Intercambio Académico)(DAAD) del gobierno alemán, Kagel llega en 1957 a Colonia, entonces centro neurálgico de la Nueva Música, lugar donde se establece y que no abandonará más.

Se integra tanto en la vida musical germana, que John Cage, el otro mago de las paradojas, dirá:

El año siguiente, Staatstheater precede un poco una vuelta a la orquesta sinfónica de las Variationen ohne Fuge.

Entre sus primeras obras destacan: Variaciones, para cuarteto mixto (1952), Cinco cantos del Génesis, para soprano y piano (1954), Cuatro piezas para piano (1954), Música de giro (obra dividida en cuatro partes: "Fragmento para orquesta", "Estudio para percusión", "Ostinato para conjunto de cámara" y "Ensayo de música concreta", 1954), Drei Klangstudien (1955), Aforismos de Guillaume Apollinaire, para clarinete y piano (1956), Sexteto de cuerda (1957) y Anagrama, para coro recitado, cuatro solistas vocales y orquesta de cámara (1958) (obra que parte de un anagrama latino de Dante Alighieri, cuyo material fonético y ortográfico se transforma del mismo modo que el material musical, de tal modo que crea configuraciones en diversas lenguas derivadas del latín) Obras importantes del periodo alemán son: Transición I, obra electrónica con cuatro altavoces (1958), basada en la oposición de “capas fijas a capas variables”; Transición II, para piano, percusión y magnetófono (1959), Mare Nostrum (1975), Bestiarium (1976) y MM 51 (1977).