Cercano a las posiciones galicanas de los politiques, tomó durante este tiempo otros pupilos, entre los que destaca Pierre de L'Estoile, del que fue tutor y guardián entre 1558 y 1564.
Durante su estancia en Orleans perdió a su mujer, Marie Blet, y a uno de sus pupilos, víctimas de la peste; el propio Agrippa d'Aubigné cayó enfermo, pero se recuperó.
La correspondencia de Sureau du Rossier con Jean Morély había salido a la luz recientemente, demostrando las posturas teológicas poco convencionales y altamente heterodoxas que ambos compartían; Béroalde, valiéndose de la condena que el sínodo de los obispos protestantes había lanzado contra Morély, viajó entre París y Orléans repetidas veces hasta conseguir que la reina de Navarra despidiera a Morély.
Fue allí donde completó su Chronicum, una obra sobre teología universal que Scalígero criticó posteriormente por sus errores, falsedades y plagios.
Murió en Ginebra en 1576 tras las complicaciones de una operación para retirar cálculos renales.