[1] En 2000, Matej Mugerli participó en los campeonatos del mundo, en Plouay.
[3] En 2002, corrió para el equipo Perutnina Ptuj, de segunda división.
En 2005 ficha por el equipo ProTour Liquigas de reciente creación que fichó sobre todo a corredores del equipo Alessio-Bianchi y del Vini Caldirola y donde su dirigente era Roberto Amadio y su líder Stefano Garzelli.
Mugerli estuvo cuatro años en este equipo y participó en la Vuelta a España 2005 y en el Tour de Francia 2006.
Obtuvo como mejor resultado la 21.ª posición en los campeonatos del mundo en Stuttgart en Alemania.