Los hábitats típicamente incluyen ríos y lagos de agua dulce, con la mayor abundancia de organismos en agua estancada, donde los ambientes con poco oxígeno son comunes.

Estos miembros son completamente anóxicos y prosperan en áreas de pH bajo.

Se han encontrado en varios huéspedes vertebrados e invertebrados, particularmente en primates y canidos.

El clado B incluye aquellos que son más pequeños, con flagelos estrechos.

El aparato flagelar se coloca en posición anterior y ayuda en el movimiento.

Estos filamentos corren paralelos a la celda y son de 1 µm en su punto más grueso.

Especies como M. balamuthi tienen orgánulos relacionados con las mitocondrias llamados hidrogenosomas.

Estos funcionan para producir ATP por oxidación anaeróbica parcial del piruvato.

No tienen una función metabólica energética y, como resultado, los organismos deben obtener energía por otros medios.

La principal forma trófica de los mastigoamoebidos es un flagelo ameboide uninucleado, aunque algunas especies tienen morfologías multinucleadas.

Cuando se multinuclean, esto da como resultado núcleos desiguales entre las células hijas.

Se cree que los restos mitocondriales de M. balamuthi son una etapa degenerada intermedia entre una mitocondria típica y los mitosomas más reducidos que se encuentran en otras especies de arqueoamebas.