Un hidrogenosoma es un orgánulo limitado por membranas encontrado en las células de ciliados, flagelados y hongos.
Se cree que este orgánulo pudo haberse desarrollado a partir de las mitocondrias.
Esto sugirió la presencia de un genoma organular que fue posteriormente descubierto por Akhmanova y más tarde secuenciado en parte por Boxma.
Esta hipótesis dice que una bacteria se metió por endosimbiosis en el interior de una arquea.
Los hidrogenosomas fueron descubiertos a principios de los años 70 por Lindamaraka y Miuler[5] en EE.