El carácter inconcluso de las audiencias ayudó a fomentar las especulaciones en cuanto a la naturaleza del misterio, y con el tiempo la historia se complicó con la adición de detalles falsos y fantasías.

[3]​[4]​ Era propiedad de un consorcio local formado por nueve personas y encabezado por Dewis; entre los copropietarios estaba Robert McLellan, el primer capitán del barco.

No existe registro de actividades comerciales del Mary Celeste durante este período.

[28]​ Briggs se declaró notablemente satisfecho con la nave y la tripulación en una carta que le escribió a su madre poco antes de la travesía.

[28]​ Sarah Briggs le informó a su madre que la tripulación parecía competente, «[...] si siguen como han comenzado».

[39]​ Como capitanes con intereses comunes es probable que Morehouse y Briggs se conocieran entre sí, aunque fuera casualmente.

Morehouse dividió la tripulación de ocho hombres del Dei Gratia entre los dos barcos; envió a Deveau y dos marineros experimentados al Mary Celeste, mientras que él y otros cuatro permanecieron en el Dei Gratia.

Que habían hecho cortes en la proa para simular una colisión y después huyeron en la yola para sufrir un destino desconocido.

Solly-Flood exigió una fianza de 15 000 dólares, dinero con el que Winchester no contaba.

Dos semanas más tarde, con una tripulación local liderada por el capitán George Blatchford, de Massachusetts, la nave abandonó Gibraltar rumbo a Génova.

[68]​ Fue una cifra muy inferior a las expectativas generales; un experto en la materia opinó que la recompensa debía haber sido dos o incluso tres veces esa cantidad, dado el nivel de riesgo que implicó llevar el barco abandonado al puerto.

Winchester pudo refutar estas acusaciones y las compañías que expidieron las pólizas no iniciaron ninguna investigación.

[73]​[74]​ Otra teoría postula que Briggs y Morehouse eran socios en una conspiración para compartir la remuneración por el rescate.

[75]​ La posible amistad no documentada entre los dos capitanes ha sido citada para convertir este supuesto plan en una explicación plausible.

[84]​ Otras explicaciones propuestas son la posible aparición de un iceberg, el miedo a encallar y un maremoto repentino.

La evidencia hidrográfica sugiere que un iceberg a la deriva en un área tan al sur era improbable, y si hubiera sido así otras naves lo habrían visto.

El viento podría haber arrastrado al Mary Celeste lejos del arrecife, mientras que la marea creciente inundó y hundió la yola.

La debilidad de esta teoría es que si la nave estaba inmóvil, todas las velas habrían estado desplegadas para aprovechar el viento disponible; sin embargo, la nave se encontró con muchas de sus velas enrolladas.

En junio de 1883, Los Angeles Times relató la historia del Mary Celeste con detalles inventados: «Cada vela estaba desplegada, la caña del timón golpeteaba velozmente, ningún cabo estaba fuera de lugar [...] El fuego ardía en la cocina.

Entre muchas imprecisiones, el primer oficial «era un hombre llamado Briggs» y había pollos vivos a bordo.

[n 10]​ Doyle no pensaba que su historia fuera tomada en serio, pero Sprague, que todavía era cónsul de Estados Unidos en Gibraltar,[n 11]​ quedó lo suficientemente intrigado para preguntar si alguna parte de la historia podría ser verdad.

[97]​ The Strand Magazine publicó el relato de otro presunto sobreviviente en 1913, un tal Abel Fosdyk, supuestamente sobrecargo del Mary Celeste.

En esta versión todas las personas que iban a bordo —excepto Fosdyk— se ahogaron o fueron devorados por tiburones, después del colapso de una plataforma provisional donde la gente se colocó para observar un concurso de natación en el mar.

[99]​ Hastings describe el engaño de Keating como «[...] un truco descarado, [creado] por un hombre sin capacidad creativa».

Hastings considera sorprendente que una historia tan poco probable fuera ampliamente aceptada por un tiempo; los lectores, dice «[...] fueron engañados por la magia del [material] impreso».

Parker lo dirigió deliberadamente hacia el arrecife, rasgando la parte inferior y arruinándolo irremediablemente.

Solo unos trozos de madera y algunos artefactos metálicos pudieron salvarse; los demás restos se perdieron dentro del coral.

Rupert Gould, oficial naval e investigador de misterios marítimos, enumera varias situaciones semejantes entre 1840 y 1855.

[138]​ La productora británica Hammer Film Productions filmó The Mystery of the Mary Celeste en 1935, conocida como Phantom Ship en su versión para el público estadounidense, protagonizada por Bela Lugosi en el papel de un marinero demente.

[139]​[140]​ No tuvo éxito comercial, aunque Begg la considera «una pieza de época que bien vale la pena ver».