Webber se retiró del automovilismo en 2016, aunque sigue en Porsche como consultor y rol de representante.

Al año siguiente, Webber permaneció en el equipo AMG Mercedes, ahora como primer piloto y con su propio auto.

Tras ser presentado a su compatriota Paul Stoddart por Eddie Jordan, se aseguró una butaca en la Fórmula 3000 europea.

En el año 2003, Mark Webber formó parte de la renovada escudería Jaguar Racing,[3]​ motorizada por Cosworth.

La oportunidad era muy buena para Webber, pero 19 carreras más tarde, el australiano había completado otra mala temporada.

Había vuelto a mostrar un nivel muy bueno en las sesiones de clasificación, pero dejaba escapar sus opciones y también los puntos en las carreras.

Tras su última temporada en Williams, Webber se unió al equipo Red Bull Racing para la temporada 2007, curiosamente la renombrada escudería Jaguar tras ser comprada por la empresa de bebidas energéticas Red Bull, en la que, gracias a sus motores Renault y el diseño aerodinámico del famoso ingeniero Adrian Newey, aspira a posicionarse en lugares de podio.

Más tarde la FIA investigó el caso, pero finalmente Lewis Hamilton se quedó sin sanción pese a las quejas de Webber y Vettel.

En el Gran Premio de Mónaco acabó en una excelente cuarta posición, llegando a los 15 puntos.

En las últimas carreras, el Red Bull RB4 no es tan competitivo y Webber apenas puede mejorar sus guarismos, acabando 11.º con 21 puntos.

Sin embargo, tuvo un mal comienzo al no puntuar en Melbourne, la primera carrera de la temporada.

En Singapur, clasifica 4.º, pero en carrera un problema con los frenos le hace perder el control del monoplaza y abandona, quedando ya sin posilidades de ser campeón.

En Abu Dabi, Mark sale 3.º, pero en la carrera se toca con Barrichello, aunque no pierde la posición, y más adelante con el abandono de Hamilton, sube al 2.º puesto.

Sin embargo, en China vuelve a hacer una carrera discreta y no pasa del octavo puesto.

Pero en Montmeló, su suerte cambia, consiguiendo la pole y anotándose la primera victoria de la temporada dominando totalmente el GP, algo que repetiría en Mónaco, la siguiente prueba.

De esta forma, Webber se situaba líder del mundial, aunque empatado a puntos con Sebastian Vettel.

En Bélgica consiguió la pole, pero una mala salida le hizo acabar segundo, tras Hamilton y por delante de Robert Kubica, perdiendo el liderato del mundial.

En Italia, tras el abandono de Lewis Hamilton, Webber terminó 6.º y se colocó líder del mundial.

Ello le hizo perder a Webber el liderato en favor de Fernando Alonso.

En Abu Dabi, Webber sale 5.º después de una mala clasificación, dejándole el título en bandeja a su principal rival: Fernando Alonso.

Sebastian Vettel había ganado mientras Alonso quedó 2.º después de una fallida estrategia en el pit lane.

Sucedió cuando retomó la actividad de bicicleta mountain bike con un amigo, el cual cayó frente a él y no pudo evitar la colisión, produciéndosele la llamada "fractura del esquiador", que le significó tener que correr con calmantes.

Posteriormente mejoró y enlazó cuatro podios consecutivos, pero solamente en uno acabó por delante de Vettel, mientras que la victoria se le seguía resistiendo.

Finalmente, en Brasil, el australiano cerró una temporada algo decepcionante con su primer triunfo del año gracias a un problema en la caja de su compañero, que le cedió la primera posición.

Logró más puntos que en 2010 y solo sufrió un abandono, pero se quedó muy lejos del título.

En el GP de Malasia tuvo otro enfrentamiento con Sebastian Vettel, que le adelantó en las últimas vueltas parar ganar la carrera pese a que desde el equipo les habían ordenado mantener posiciones con la famosa Multi 21, de modo que Mark acabó 2.º En China tuvo un nefasto fin de semana, con un problema mecánico en clasificación, un toque y un abandono en carrera al perder una rueda.

En Baréin arrancó séptimo tras una penalización de 3 posiciones y terminó en el mismo puesto, mientras en Barcelona fue quinto.

En Canadá se tocó con un doblado, lo que dañó su alerón delantero y le privó de otro podio (fue 4.º).

Teniendo como compañero de butaca Brendon Hartley y Timo Bernhard, acumularon tres podios, finalizando 16.º en el campeonato.