Fundó el Ferrocarril del Pacífico Central junto con Leland Stanford, Charles Crocker y Collis Huntington en 1861.

Su padre, Mark Hopkins (1779-1828), trabajó como Director de Correos, primero en Henderson y luego en St.

Hopkins abrió una tienda en Placerville (California), pero no tuvo éxito y se mudó a Sacramento, donde abrió un almacén al por mayor en 1850 con su amigo Edward H. Miller, quien posteriormente sería secretario del ferrocarril del Pacífico Central.

En 1861, como parte de The Big Four, fundó el Ferrocarril del Pacífico Central.

Whig por sus ideas políticas, posteriormente se asoció con el Partido del Suelo Libre.

En el momento de su muerte, la casa no estaba completa, siendo finalmente terminada y ocupada por Mary.

Edward Francis Searles fue enviado por Herter Brothers para gestionar la finalización del proyecto de Mary.

A pesar de ser 22 años menor que ella, desarrollaron una relación cercana.

Poco después de su regreso, Mary ejecutó un nuevo testamento que excluía explícitamente a su hijo adoptivo Timothy Nolan Hopkins, explicando; "La omisión en este testamento de mi hijo adoptivo, Timothy Hopkins, es intencional, y no es debida a accidente o error alguno", y dejó su fortuna a su nuevo esposo, Edward.

Edward acordó construirles el moderno edificio de ciencias, todavía en servicio como Searles Hall.

Murió varios años después, viviendo con modestia, como si nunca hubiera heredado nada.