Esta declaración se hizo efectiva en noviembre de 2013 junto a la declaración del paraje como Zona de Especial Conservación (ZEC) y su incorporación a la Red Natura 2000.El ecosistema dunar y de marisma presente se encuentra en gran regresión en la mayor parte del litoral mediterráneo por lo que su conservación es prioritaria para la legislación medioambiental actual.Dentro del estuario protegido destaca la presencia de especies litorales adaptadas a la salinidad (halófitas) en una comunidad muy homogénea, de estrato herbáceo, formada casi exclusivamente por espartinas, juncos, carrizos y salicornias.[5] Pero no sólo la zona protegida es importante desde el punto de vista biológico y medioambiental.La eliminación de presas naturales e infraestructuras hace posible que las subidas en el nivel del agua del río no se produzca en forma de inundación, dañando la vegetación y fauna.[6] Por todo ello actualmente se encuentra en trámite de estudio la ampliación del curso medio para crear un corredor ecológico que permita conectar este paraje natural con el cercano parque natural de Los Alcornocales.
Vegetación halófita en las Marismas del río Palmones
