Mario Superstar Baseball tiene 32 personajes diferentes que tu puedes ocupar y 6 estadios distintos de los 6 capitanes correspondientes al torneo Challenge, los cuales son Mario, la Princesa Peach, Yoshi, Wario, Donkey Kong y Bowser (este último se desbloquea al ganar el torneo Challenge en modo Special).
Pianta Paragoomba - Goomba, Paratroopa, Monty Mole Paratroopa - Bowser, Koopa Troopa, Paragoomba Peach - Daisy, Luigi, Mario, Toad, Toadette, Toadsworth Petey Pirhanna - Birdo, Donkey Kong Shy Guy - Birdo, Monty Mole Toad - Peach, Toadette, Toadsworth Toadette - Peach, Toad, Toadsworth Toadsworth - Peach, Toad, Toadette Waluigi - Magikoopa, Wario Wario - Boo, Waluigi Yoshi - Baby Luigi, Baby Mario, Birdo, Mario Cuando un Personaje tiene mala química con otro aparece un "remolino" de color violeta dentro de una pequeña nube de texto.
Al iniciar el juego uno puede optar por distintos modos de competencias, partidos, prácticas, etc.
En este modo tu puedes elegir de 12 capitanes el que más te guste y un rival.
En el juego hay seis minigames distintos los cuales son para divertirse, o bien para poner en práctica tus habilidades.
Aquí tu puedes ajustar todos los detalles como el sonido y la vibración del control.